Od gymnaziálních studií spolupracovala s Československým rozhlasem jako asistentka režie v Hlavní redakci literárně dramatické tvorby. Tam se už jako sedmnáctiletá seznámila se zvukovými literárními adaptacemi a s natáčením rozhlasové četby na pokračování i rozhlasových her. Poznala zblízka práci věhlasných režisérů (J. Horčičky, J. Melče, A. Adamcové ad.) V rozhlase také vystudovala pomaturitní interní nástavbové studium určené pro redaktory publicistiky. Absolvovala nahrávkou zvukového pásma s názvem Kdo se bojí Shakespeara? Tato její nahrávka byla vyhodnocena jako nejlepší ročníková práce.
Téměř deset let pracovala v rozhlasové publicistice jako produkční, režisérka i redaktorka například přímého vysílání pořadů Vysílá Studio mladých a Mikrofórum. V osmdesátých letech přispívala do několika časopisů v oblasti kultury: Vlasta, Žena a móda, Atd… (kulturní týdeník sekce spisovatelů nestraníků při svazu spisovatelů).
V roce 1991 založila vlastní zvukové nakladatelství AudioStory, kde působí jako producentka a režisérka už pětadvacet let. AudioStory bylo pionýrským projektem na poli vydávání audioknih. Vzniklo inspirováno kanadskou praxí a stavělo na dobrých tradicích literární četby v českém rozhlase. AudioStory kolem sebe soustředilo několik uznávaných rozhlasových režisérů (například Jan Berger a Helena Vaňurová), hudební redaktory, dramaturgyně z literární redakce vydavatelství Dilia a mnoho nejlepších hereckých osobností na mikrofon. Postupem času se jeho tým proměňoval a omlazoval.
K dnešnímu dni natočilo AudioStory přibližně 200 titulů, z toho Jindřiška Nováková režírovala kolem padesáti nahrávek. Produkuje i režíruje audioknihy také pro jiná vydavatelství. V letech 2006 – 2012 byl koprodukčním partnerem AudioStory Popron Music, od roku 2009 dosud je jeho hlavním koprodukčním partnerem vydavatelství Vyšehrad s.r.o.
V roce 2000 Jindřiška Nováková napsala a ve vlastním nákladu vydala knihu (D)opisování (se) srdcem. Jde o literární koláž na duchovní téma.